💧 Vízgyűjtés

Cél: A vízi életközösség “pillanatfelvételének” készítése az élőlények által a vízbe bocsátott DNS összegyűjtésével.

  • Vízgyűjtés palackok vagy vödör segítségével.

    • A szennyeződés elkerülése érdekében steril mintavételi palackokat és kesztyűt érdemes használni.

  • Opcionális: a környezeti változók (pl. sótartalom, hőmérséklet) rögzítése.

🧪 Szűrés

Cél: DNS koncentrációja egy membránra.

  • Víz szűrése perisztaltikus szivattyú vagy fecskendő segítségével.

    • A szűrők (pl. Waterra™) a környezeti DNS-t és a sejtfragmentumokat a belső membránon fogják fel.

  • A szűrőket -20 °C-on vagy annál alacsonyabb hőmérsékleten kell tárolni a DNS integritásának megőrzése érdekében.

🧬 DNS extrakció

Cél: A DNS kinyerése a szűrőkből, valamint a nem kívánt anyagok eltávolítása.

A DNS újraszuszpendálása

  1. Vegye ki a Waterra szűrőket a fagyasztóból, és az extrakció előtt hagyja őket kb. egy órán át felengedni hűtőszekrényben.

  2. Fertőtlenítse a munkaterületet 25%-os fertőtlenítőszer-oldattal.

  3. Készítsen elő minden Waterra szűrőhöz két 50 ml-es Falcon-csövet, és töltse meg őket TE szuszpenziós pufferrel. Ne felejtse el a minta azonosítókat feltüntetni a csöveken.

  4. Távolítsa el a maradék vizet a szűrő bemeneti oldaláról.

  5. Pipettázzon 50 ml TE puffert a szűrőbe a bordázott bemeneti oldalon keresztül, majd zárja le parafilmmel.

  6. Rázza fel a kapszulát, hogy a TE puffer teljesen átjárja a szűrőt.

  7. Öntse vissza az oldatot az első 50 ml-es Falcon-csőbe. Ezután ismételje meg az 5–6. lépést, és öntse a második mosást a második Falcon-csőbe.

    • Így végül két 50 ml-es csőbe kerül a szűrőről a TE pufferben szuszpendált DNS.

    • Az elhasznált Waterra szűrő ezután kidobható.

Mi az a TE puffer?

TE puffer (Tris-EDTA, pH 8,0) a DNS szuszpenziójára szolgál a szűrő belsejéből.

  • Tris vagy Tris(hidroxi-metil)aminometán: stabilizálja a pH-értéket.

    • A stabil, enyhén lúgos pH fenntartása kulcsfontosságú a DNS hidrolízis okozta lebomlásának megakadályozásához, amely felbontja a DNS építőkövei, a nukleotidok közötti kötéseket.

      A DNS szerkezete (Forrás: NIH)

    • Ha a pH csökken (savassá válik), a DNS hajlamosabb a hidrolitikus hasadásra - ez megszakítja a nukleotidok közötti kötéseket, és visszafordíthatatlanul károsíthatja a DNS-t, zavarva az olyan további lépéseket, mint a PCR és a szekvenálás.

  • EDTA (etiléndiamintetraecetsav): kétértékű kationokat (pl. Mg²⁺, Ca²⁺) köt meg a DNS integritásának védelme érdekében.

TE puffer (Tris-EDTA) recept - 5 L összesen

🧾 Összetevők (5 literhez)

  • 250 ml 1 M Tris-HCl → Végleges koncentráció: 50 mM (millimoláris)

  • 100 ml 0,5 M EDTA → Végleges koncentráció: 10 mM (millimoláris)

  • 4,650 ml ultratiszta víz → A teljes térfogat 5,000 mL (5 L)-ra való növelése érdekében

🧂 Útmutató

  1. Egy tiszta 5 literes üvegpalackban adjuk hozzá:

    • 250 ml 1 M Tris-HCl-t.
    • 100 mL 0,5 M EDTA-t

  2. Adjunk hozzá ultra-tiszta vizet az 5 L-es jelig.

  3. Keverje össze alaposan óvatos megfordítással vagy keveréssel.

  4. Címkézze fel a következővel:

    • Tartalom (pl. “TE puffer, pH 8,0”).
    • Elkészítés dátuma
    • Kezdőbetűk

  5. Tárolja szobahőmérsékleten.

Centrifugálás

  1. Centrifugáljuk a két 50 ml-es Falcon-csövet 10 percig 4500 rpm-en (percenkénti fordulatszám, a centrifuga rotor forgási sebességét mérő egység), hogy a törmeléket/üledéket elválasszuk a folyékony DNS-tartalmú folyadéktól.

Szűrés tölcsérszűrőn keresztül

  1. Egy Buchner-tölcsérhez és perisztaltikus szivattyúhoz csatlakoztatott analitikai tesztszűrő tölcsér segítségével a pufferkeveréket 0,45 mikronos korongszűrőn (Nalgene™) szűrjük át.

  2. Egyesítsük a két Falcon-csövet mintánként úgy, hogy a most már tiszta oldatot mindkét csőből átöntjük a tölcséren, és igyekszünk az üledéket a csövekben tartani.

  3. Állítsa be a perisztaltikus szivattyú sebességét, hogy a oldatot átszűrje a tölcséren, és további egy percig szűrje a tölcsér szűrőkorongjának szárításához.

    • Azokat a mintákat, amelyeknél az üledék felhalmozódása miatt több szűrésre volt szükség, egyetlen analitikai szűrőtölcsérbe lehet összevonni.

  4. Az egyik tölcsér szűrőkorongjának tartalmaznia kell a szűrt oldatot, a maradék üledéket pedig az eredeti két Falcon-csőben kell visszatartani.

Qiagen DNeasy PowerWater

  1. Oldat: Távolítsa el az eldobható szűrőtölcsér felső részét, hogy a szűrőkorong fehér membránja láthatóvá váljon. Használjon steril csipeszt. Tekerje fel a szűrőmembránt úgy, hogy a felső oldala befelé nézzen, és helyezze be egy 5 ml-es PowerWater DNS-gyöngycsőbe. Adjon hozzá 1 ml PW1 oldatot.

  2. Üledék: Adjon 1 mL PW1-oldatot az üledéket tartalmazó Falcon-csövek egyikébe. A PW1-oldattal öblítse ki a csövet a második Falcon-csőbe. Ezt az üledék-PW1 keveréket ezután öntse egy 5 mL PowerWater DNS-gyöngyös csőbe.

Puffer és készletkomponensek

  • PW1 (lízispuffer): Feltöri a sejtfalakat és a membránokat.

    • Lízis: a sejtnek a plazma (külső) membrán sérülése által okozott lebomlása.

  • Proteináz K: Lebontja a fehérjéket és a DNázokat, amelyek egyébként elpusztítanák a DNS-t.

    • A lipidek és fehérjék PCR-inhibitorokként működhetnek.

  • Gömbök (a gyöngycsőben): A vortexelés során mechanikai bontást biztosítanak, különösen a kemény sejtfalak esetében.

  • QIAshredder oszlop (későbbi lépés): Eltávolítja a sejttörmeléket, így csak a tiszta lizátum jut át rajta.

    • A lizátum a sejtek felbontásakor keletkező folyadék - olyan keverék, amely az éppen sejtek teljes belső tartalmát tartalmazza.
    • A DNS extrakcióban:
      • Kezdjük a sejtek felbontásával (pl. proteináz K-val és lízispufferrel).
      • Ezáltal a DNS az oldatba - amelyet most már lizátumnak nevezünk - kerül.
      • A cél ennek a lizátumnak a megtisztítása, hogy csak a DNS-t izoláljuk, eltávolítva az összes többi sejtes “szemetet”.
Anyagok

A következő anyagok szükségesek a reszuszpenzió, a szűrés és a DNS extrakció lépéseihez:

  • TE puffer (50 mM Tris, 10 mM EDTA)
  • 50 ml-es Falcon csövek
  • Parafilm (a szűrővégek lezárásához)
  • Buchner-tölcsér (perisztaltikus szivattyúhoz csatlakoztatva)
  • 0,45 mikronos korongszűrő (pl. Nalgene™)
  • Proteináz K (fehérjeemésztéshez)
  • QIA-aprító (a lizátum tisztításához)
  • DNeasy PowerWater Kit (Qiagen)
  • Fertőtlenítőszer (a felületek fertőtlenítéséhez)

🔬 DNS mennyiségi meghatározása (Qubit)

Cél: Azt méri, hogy mennyi kettős szálú DNS van a kivonatban.

  • Készítse el a Qubit munkaoldatot:

    • Keverje össze a festéket és a puffert 1:200 arányban (pl. 199 µl puffer + 1 µl festék mintánként).

  • Címkézze fel a vizsgálati csöveket minden standardhoz és mintához.

  • Adjunk 190 µl munkaoldatot minden egyes csőbe.

  • Adjon 10 µl DNS-mintát (vagy Qubit-standardot) mindegyik csőbe.

  • Óvatosan vortexeljen, és inkubálja szobahőmérsékleten 2 percig (fényérzékeny!).

  • Egyenként helyezze be a csöveket a Qubitba, és jegyezze fel a koncentrációkat (ng/µL).

Várható eredmények
  • 1-10 ng/µL: Ideális koncentrációtartomány a downstream PCR-hez
  • <1 ng/µl: Szükség lehet egy újabb extrakcióra** vagy megnövelt PCR-ciklusokra.
  • Kontrollok:
    • Pozitív kontroll → DNS jelenlétét kell kimutatni.
    • Negatív kontroll → 0 ng/µl vagy “Nem kimutatható”.
Átfedés µL és ml között
  • µL → mL: osszuk el 1000-rel (pl. 200 µL ÷ 1000 = 0,2 mL).
  • mL → µL: szorozzuk meg 1000-rel (pl. 1,5 mL × 1 000 = 1 500 µL).
A DNS-kódolás és metabarkódolás megértése

Az eDNS-metabarkódolással összefüggésben a DNS-vonalkód a DNS egy rövid, szabványosított - jellemzően 100-600 bázispár hosszúságú - régiója, amely nukleotidok (A, T, C és G) egyedi szekvenciájából áll.

Ez a régió egy fajon belül nagymértékben konzervált (az egyedek között közel azonos marad), de fajok között kellően változatos, így hatékony eszköz a pontos azonosításhoz.

Ahogyan a szupermarketek vonalkódja a termékeket fekete és fehér vonalak mintázata alapján különbözteti meg egymástól, a DNS-vonalkód a fajokat egy egyedi DNS-szekvencia alapján különbözteti meg.

  • A DNS-vonalkódokat PCR-amplifikáció során primerek (rövid szintetikus DNS-szekvenciák) segítségével célozzák meg.

  • A halak esetében az általánosan használt vonalkód a 12S rRNS mitokondriális gén, a hal-specifikus primerek pedig pl. MiFish-U.

  • Az amplifikáció után ezeket a szekvenciákat összehasonlítják referencia adatbázisokkal, mint például a GenBank vagy a BOLD, a fajazonosság megállapítása érdekében.

Ez a megközelítés lehetővé teszi a fajok kimutatását a környezeti DNS mintákban.

Jellemző DNS-kódolás DNS-metabarkódolás
Cél Egyszerre csak egy faj Egyszerre sok faj
Mintatípus Egyedi szövet (pl. uszony, pikkely) Környezeti minta (pl. víz, talaj)
Módszer Vonalkód erősítése egy organizmusból Vonalkód erősítése vegyes közösségi DNS-ből
Szekvenálás Egyszerű Sanger-szekvenálás Nagy áteresztőképességű szekvenálás (pl. MiSeq)
Felhasználási eset Fajazonosítás, taxonómia Közösségi struktúra, biodiverzitás felmérések

DNS (meta)kódolási különbségek (Forrás: Wikipedia)

📈 Amplifikálás

Cél: Egy DNS-vonalkód régió felerősítése a DNS kivonatokból polimeráz láncreakció (PCR) segítségével kimutatható szintre.

  • A PCR (polimeráz láncreakció) a fajok azonosítására használt vonalkódot célozza meg.

  • Primerek segítségével határozzuk meg a felerősítendő célrégió kezdő- és végpontját.

    • Ezek szintetikusan keszülnek és kereskedelmi beszállítóktól (pl. IDT, Eurofins) rendelhetők, és elengedhetetlenek a vonalkód régiók szelektív amplifikálásához.

  • Két primerre van szükség:

    • Egy előre irányuló primer, amely a vonalkód régió elején lévő egyik szálhoz kötődik (5′→3′ irányban).

    • Egy fordított primer, amely a régió végén lévő ellentétes szálhoz kötődik (szintén 5′→3′ írással, de fordított irányban kötődik).

  • Ezek a primerek a vonalkódot szegélyezik, lehetővé téve a DNS-polimeráz számára, hogy a közöttük lévő specifikus régiót lemásolja.

Primerek és kötődés megértése

A DNS kettős szálú spirál formájában tárolja a genetikai utasításokat.

Mindkét szál nukleotidokból, a DNS alapvető építőköveiből áll.

A nukleotidoknak négy típusa van, amelyek mindegyike egy-egy bázist tartalmaz, amelyet egy betű jelképez:

  • A = adenin
  • T = timin
  • C = citozin
  • G = Guanin

Ezek a bázisok meghatározott módon párosodnak:

  • A = T
  • C = G

Tehát, ha az egyik szál: “5′- A T G G C C C A T -3′

A komplementer szála: “3′- T A C G G G G T A -5′”.

A DNS-szintézis és a leolvasás mindig az 5′-3′ irányban történik. Ez azért kulcsfontosságú a molekuláris biológiában, mert:

  • A PCR során a DNS-t másoló polimeráz enzimek csak 5′ → 3′ irányban képesek új DNS-szálakat hosszabbítani.
  • A primerek tervezésekor figyelembe kell vennünk, hogy melyik szálra és milyen irányban történik a leolvasás.

A DNS egy adott régiójának felerősítéséhez két primert használunk:

  • Az előre irányuló primer a előre irányuló szálhoz kötődik, közvetlenül a vonalkód régió előtt (5′ → 3′ irányban).
  • A fordított primer a fordított (komplementer) szálhoz kötődik, közvetlenül a vonalkód régió után - de még mindig az 5′ → 3′ irányban.

Képzeljünk el egy 1000 bp-os DNS-darabot, és a vonalkód régió a 421. és 579. pozíció között van.

Régió Pozíciótartomány Példa szekvencia
Előre irányuló primer 400-420 (5′ → 3′) GTCGGTAAAAAACTCTCGTGCCAGC (MiFish-U-F)
Vonalkód régió (templát) 421-579 AGCCTTGAGAACTGCTTAC...
Fordított primer 580-600 (5′ → 3′ a fordított szálon) CATAGTGGGGGGTATCTAATCCCAGTTTG (MiFish-U-R)

A DNS-polimeráz ezután lemásolja a kettő közötti - amplikonnak nevezett - szegmenst, amely tartalmazza a vonalkódot.

  • A PCR ismételt hőciklikus ciklizálással jár:

    • Denaturálás (~94-95 °C): A DNS-szálak egyszálúvá válnak.

    • Primer tapadás (~50-60 °C): Az előre- és a hátrafelé irányuló primerek a cél-vonalkódot kísérő komplementer szekvenciákhoz kötődnek.

    • Láncnövekedés (72 °C): A DNS-polimeráz (pl. Taq) új DNS-szálakat szintetizál a primerek között.

  • Ez a ciklus ~35-40 alkalommal ismétlődik. Minden egyes ciklus megduplázza a DNS mennyiségét.

Az eredmény csak a DNS-vonalkód régió több millió azonos másolata vagy amplikonja - készen áll a szekvenálásra.

PCR folyamat

  • A tipikus PCR keverék tartalmazza:

    • DNS kivonat
    • Kezdő és végpont primerek
    • DNS-polimeráz (pl. Taq)
    • dNTP-k (A, T, C, G)
    • Puffer

  • Kontrollok:

    • Pozitív kontroll: DNS-t tartalmaz az amplifikáció megerősítésére.
    • Negatív kontroll: nem adunk hozzá DNS-t - a szennyeződés kimutatására szolgál.

  • A PCR után az amplikonok gélelektroforézissel ellenőrizhetők a szekvenálás előtt.

Mi az a Taq polimeráz és mit csinál?

A Taq-polimeráz egy DNS-polimeráz, amelyet eredetileg a Thermus aquaticus hőtűrő baktériumból izoláltak.

  • Hőstabil, ami azt jelenti, hogy magas hőmérsékleti ciklusokban (pl. 94-95 °C) is aktív marad.

  • Ez a legszélesebb körben használt enzim a standard PCR-hez, mert:

    • Tűri az ismételt melegítést és hűtést
    • Hatékonyan szintetizálja a DNS-t ~72 °C-on a hosszabbítási lépés során.

A Taq-polimeráz új DNS-szálat épít fel nukleotid-építőblokkok (A, T, C, G) hozzáadásával a sablonszálhoz.

A primerrel kezdi, és minden bázist a komplementerével párosít:

  • A párosul T-vel
  • C párosul G-vel

Ezáltal egy új, komplementer szál jön létre - lényegében lemásolva az eredeti DNS-t.

🧫 Gélelektroforézis

Cél: A sikeres amplifikáció vizuális megerősítése és a szennyeződések kiszűrése.

  • A PCR-termékeket agaróz gélbe töltik, amely egy tengeri moszatból származó poliszacharidból készült porózus mátrix.

DNS elektroforézis berendezés

  • Amikor elektromos áramot alkalmazunk:

    • A negatív töltésű DNS a pozitív elektróda felé vándorol.
    • A kisebb fragmentumok gyorsabban mozognak a gél pórusain keresztül.
    • A nagyobb fragmentumok lassabban mozognak.

  • A gél lefuttatása után a DNS-t fluoreszcens festékkel (pl. GelRed vagy SYBR Safe) festjük meg és UV vagy kék fényben láthatóvá tesszük.

  • Hasonlítsa össze az egyes minták sávjait egy DNS létrával (méretjelző):

    • Elvárt méretű tiszta sáv (pl. 200-600 bp a 12S esetében): A PCR valószínűleg sikeres volt.

      • bp (bázispár): a DNS-darabkák hosszának mérésére használt egység.
      • 1 bp = 1 bázispár (A-T vagy C-G)
      • 200-600 bp azt jelenti, hogy a DNS-fragmentum 200-600 bázispár hosszú.

    • Keveredés vagy többszörös sávok: Nem specifikus amplifikáció vagy lebomlott DNS

    • Nincs sáv: A PCR sikertelen volt vagy a DNS-templát nem volt elegendő

  • A kontrollsávoknak mutatniuk kell:

    • Pozitív kontroll → Elvárt méretű, éles sáv (pl. 200–600 bp a 12S amplikon esetében)
    • Negatív kontroll → Nincsenek sávok (megerősíti a szennyeződés hiányát)
    • Minták → A célgéntől függő, konzisztens méretű sávok

Példa

Sáv Tartalom
1 DNS létra (méretjelző)
2 Pozitív kontroll DNS
3 1. minta
4 2. minta
… …
N Negatív kontroll

Gélen elválasztott DNS-sávokat ábrázoló ábra
Anyagok
  • Agaróz gél
  • TAE vagy TBE puffer
    • pH fenntartása (~8,0)
    • Vezessünk elektromos áramot
    • EDTA-t tartalmaz a DNázok gátlására
  • DNS festék (GelRed vagy SYBR Safe)
  • DNS létra (DNS méretjelző)
  • Gélöntő tálca és fésű
  • Elektroforéziskamra és tápegység
  • UV vagy kék fényű transzilluminátor

📦 Szekvenálás

Cél: A PCR során előállított felerősített vonalkód régiók DNS-szekvenciáinak leolvasásával meghatározni, hogy mely fajok vannak jelen a mintában.

Lépések:

  • A különböző mintákból származó PCR-termékeket (amplikonok) egyetlen szekvenáló könyvtárrá egyesítik.

  • Minden mintát egy egyedi rövid DNS-szekvenciával (vonalkód/index) jelölünk.

    → Ez lehetővé teszi annak azonosítását, hogy a szekvenálás után melyik szekvencia melyik mintából származik.

    → A folyamatot multiplexálásnak nevezik.

  • A végleges könyvtárat betölti egy nagy áteresztőképességű szekvenáló platformba, jellemzően egy Illumina MiSeq-be.

    • Az Illumina az úgynevezett szintetikus szekvenálás módszert alkalmazza:

      • A DNS-darabkákat egyszerre egy bázist másolnak le.

      • Minden egyes bázis hozzáadásakor fluoreszcens jelet bocsát ki:

        • A = Adenin
        • T = Thymin
        • C = citozin
        • G = Guanin

      • A kamera ezeket a jeleket bázisonként színes villanások sorozataként rögzíti.

    • Minden egyes szekvenálási futtatás FASTQ-fájlokat készít, amelyek a következőket tartalmazzák:

      • Millió rövid DNS-olvasat (jellemzően 150-300 bázispár).

      • Minőségi pontszámok minden egyes bázisra vonatkozóan

    • Minden leolvasás ideális esetben az amplifikált vonalkód régió (pl. halak esetében a mitokondriális 12S rRNS) egy másolatának felel meg.

      • Példa: Az AGCCTTGAGAACTGCTTAC... típusú olvasatot egy referenciaadatbázissal való összehasonlítással európai tengeri sügérként lehet azonosítani.

💻 Bioinformatika

Cél: A DNS-szekvencia-adatok feldolgozása és értelmezése annak érdekében, hogy azonosítani lehessen, mely fajok voltak jelen az egyes mintákban.

  • A szekvenálás után minden egyes minta FASTQ-fájlokat eredményez, amelyek a következőket tartalmazzák:

    • Több millió rövid DNS-olvasat

    • Minden bázisra vonatkozó minőségi pontszám, amely jelzi a bázishívások megbízhatóságát.

  • Minőségi szűrés:

    • A alacsony minőségű olvasatok és a megbízhatatlan bázishívások eltávolítása.

    • Levágás:

      • Maradék primerek
      • Adapter szekvenciák
      • Zajos bázisok a végeken
      • Gyakori eszközök: cutadapt,fastp,Trimmomatic`.

  • Zajmentesítés és dereplikáció:

    • Itt központi szerepet játszik a DADA2.
Mi az a DADA2?

A DADA2 (Divisive Amplicon Denoising Algorithm 2) egy R csomag, amely a nyers leolvasásokat pontos szekvenciákká alakítja, amelyeket amplikon szekvencia-változatoknak (Amplicon Sequence Variants (ASVs)) nevezünk.

Modellezi és korrigálja a szekvenálási hibákat, hogy visszanyerje a mintákban található igaz biológiai szekvenciákat.

Lépés Mit csinál a DADA2
Hibaarányok megtanulása Felépíti a szekvenálási hibaminták modelljét
Hibajavítás Korrigálja a hibákat és feloldja a valódi szekvenciákat
Dereplikálás Az azonos olvasatokat egyedi szekvenciákká egyesíti + számol
Olvasatok kombinálása Párosított végű olvasatok kombinálása
Kimerák eltávolítása Eltávolítja a PCR mesterséges rekombinációs termékeit
Taxonómia hozzárendelése Az ASV-ket egy referencia adatbázis (pl. MiFish, GenBank) segítségével címkézi

  • Taxonómiai hozzárendelés:

    • Az ASV-ket egy referencia adatbázis segítségével párosítják ismert fajokkal vagy nemzetségekkel.

    • Közös adatbázisok:

      • GenBank - Széleskörű nukleotid adatbázis.
      • MiFish - Hal-specifikus 12S rRNS-strichkódok.
      • BOLD - Barcode of Life Data System (különösen a COI génre vonatkozóan)

    • Társítási eszközök:

      • BLAST - Megkeresi a legközelebbi egyezést egy adatbázisban (pl. ASV AGCCTTGAGAACTGCTTAC... → Dicentrarchus labrax (európai tengeri sügér), 99,3%-os azonosság).
      • QIIME2 - Végponttól-végpontig tartó csővezeték taxonómiai bővítményekkel (pl. BLAST, naiv Bayes).
      • MEGAN - BLAST eredmények átalakítása taxonómiai fákká és összefoglalókká.

  • Itt az anonim DNS-fragmentumok fajneveket kapnak - az adatokat ökológiai jelentéssé alakítja át.

Taxonómiai hozzárendelés BLAST és BASTA segítségével

BLAST a Basic Local Alignment Search Tool rövidítése.

  • Az ismeretlen DNS-szekvenciát (pl. egy ASV-t) hasonlítja össze egy referenciaadatbázissal, például a GenBankkal, a BOLD-dal vagy a MiFish-sel, hogy megtalálja a leghasonlóbb ismert szekvenciákat.

A BASTA a BLAST-alapú rendszertani hozzárendelés rövidítése.

  • A BASTA egy olyan eszköz, amely a BLAST-eredményekre építve automatizált és reprodukálható rendszertani hozzárendelést biztosít az utolsó közös ős (Last Common Ancestor, LCA) megközelítéssel.

A BLAST megtalálja az adatbázisban a legjobban illeszkedő szekvenciákat, a BASTA pedig a BLAST-találatok konszenzusának felhasználásával rendeli hozzá a rendszertani rendszert.

  • Táblázat generálása:

    • A végső lépés egy fajonkénti mátrix létrehozása a biológiai sokféleség mintáinak vizualizálása érdekében.
Fajok 1. minta 2. minta 3. minta
Európai tengeri sügér 2134 98 712
Háromtüskés pikó 435 0 220

  • Ez az eljárás több millió névtelen DNS-darabkát alakít át használható információkká:

    • Milyen fajok voltak jelen?
    • Melyik helyszínen volt nagyobb a biológiai sokféleség?
    • Hogyan változtak a közösségek térben vagy időben?